电磁阀堵塞主要原因是灭菌器在排气的过程中卡式盒内的杂质进入电磁阀内从而使里面的活动柱塞卡住，造成电磁阀不能打开或者关闭，从而灭菌器不能正常的工作。发生这种故障的主要原因如下：
　　
　　1.需要灭菌的器械在清洗的过程中有残留物，在灭菌过程中残留物在排气的过程中留在电磁阀内堵塞。这种现象在口腔科中尤其严重。
　　
　　2.在灭菌开始前需要往卡式盒内放入化学指示卡对灭菌器进行化学监测，而医院放入的化学指示卡大多都是包内卡，这种指示卡是不防水的，在打湿后会有迁微物残留在卡式盒内。如果没有及时清洗干净，也有可能堵塞电磁阀。
　　
　　3.蒸汽发生器炉壁氧化，向卡式盒喷入蒸汽时，连同氧化粉末一起喷入卡式盒内。在排气过程中氧化粉末经过电磁阀时将其内柱塞卡住，导致不能正常升温无法完成灭菌循环。